すでに別の方が回答しているとおりですが、ここでいうグラフというのは、方程式を満たすような点(これを一般に解と言います) (x,y) 全体からなる集合のことです。すなわち前者は F(x,y)=0(y=0) を満たすような点 (x,y) 全体からなる集合 {(x,y)∣y=0,F(x,y)=0} のことであり、後者は {(x,y)∣y=0,F(x,y)/y=0} です。
y=0 であるような (x,y) に対して、 F(x,y)=0 であるためには F(x,y)/y=0 であることが必要かつ十分ですから、この2つの集合は一致する、すなわちグラフは一致します。(z=F(x,y) と z=F(x,y)/y のグラフが等しい、のような主張が展開されているわけではないので注意してください。もちろんこれらは一般には異なります。)