このCについている添字（数字）の意味を教えていただきたいです。物理初心者なので、そこを考慮いただけると幸いです。

恐らく物理の知識というよりは、数学的な知識の方が必要かもしれません。ここでは電気容量定数を行列形式で表現しており、行列の「行」「列」をそれぞれ数字にしたものが添え字の正体かと思われます。

$$\begin{pmatrix} (1行1列目) & (1行2列目) \\ (2行1列目) & (2行2列目)\end{pmatrix}=\begin{pmatrix} 11 & 12 \\ 21 & 22\end{pmatrix}$$

こんな感じで、範例としてそれぞれの位置に添え字が決まっているような感じです。$n$次行列になっても同じことが言えます。