高校の力学での二物体の衝突で力学的エネルギーが保存しないのはなぜですか？

まず二物体の衝突で力学的エネルギー保存の法則が適用できるかどうかは、その物体の反発係数によって異なります。

まず完全弾性衝突であれば力学的エネルギーは保存されます。

衝突している間に、それぞれの物体とでエネルギーのやり取りが行われますが、外から新たな仕事としてエネルギーが与えられたり、エネルギーが失われるようなことがありません。それぞれが最初に持っていたエネルギーがやり取りされるにすぎません。

まずエネルギーというのは、基本的には物体がもつ他の物体に対して仕事をする能力であり、先ほどの完全弾性衝突は、相手側の物体に仕事を与え（エネルギーを与える）、自身のエネルギーは減ります。同様に、相手も自身側に仕事を与えて、エネルギーは減ります。エネルギーを失う量と受け取る量の差はあれど、結果的には全体のエネルギーは保存されます。

そして、完全弾性衝突以外の場合は力学的エネルギー保存の法則は成り立ちません。

つまり、相手にエネルギーを与える時に、何かしらの影響で一部のエネルギーが物体の運動以外に使われてしまいます。

イメージとしては、衝突する相手が粘土のような柔らかい物体では、仕事は、相手の運動だけでなく、物体を変形させるという事にも仕事が使われてしまいます。結果的に、力学的エネルギーが保存されなくなってしまいます。

また、物体を衝突させる時に「コツン」などと音が鳴ることがあると思います。それは、力学的エネルギーの一部が音エネルギーに変わったことを意味します。

そのため完全弾性衝突（e=1）というのは、物体が変形せず、音もならないような衝突をイメージするといいと思います。