置換によって、RNAに不本意に終始コドンが打たれてしまうと、タンパク質合成に甚大な影響が出ることはわかりました。では、開始コドンが打たれたらどうなるか知ってる方いますか？

確かに変異などで置換が起きてしまい、終止コドン（TAA,TAG,TGA）になってしまうとそこで翻訳が止まってしまいますので、それ以降が欠損する変異タンパク質になり大きな影響が出てしまうと言えます。

一方で、開始コドン（ATG）になってしまうと、それはアミノ酸のメチオニン（Met）として認識されますので、もともとのアミノ酸がMetに代わっただけの変異タンパク質になるといえます。これがタンパク質の構造に影響がない変異である場合は、機能が失われることがないですし、逆にタンパク質の活性に大いに影響がある活性中心などにこういう変異が入ってしまえば、タンパク質の機能を失いかねない変異になってしまします。

もっと言うと、これは塩基置換の変異全般に言えることで、変異の結果、開始コドンになったり、他のコドンになったり様々な可能性がありますが、その結果何の影響もなかったり、逆に活性が弱くなる・失うような影響を与える可能性もあり、配列のどの個所に変異が入ったか、ということに目を向けなければ、タンパク質機能への影響を評価することは難しいかもしれません。

さらにいうと、変異によって終止コドンになり、途中で翻訳が止まってしまった変異型タンパク質であっても、C末端側のほんの一部だけしか欠損していないようなタンパク質では（C末端側の需要な構造が残っている限りは）機能を残している可能性もあります。