1.のAsは〜ためという意味になるのでしょうか？

1. このasは「理由」を表す接続詞です。becauseやsinceよりは弱い因果関係を表します。ここでは「ため」と訳されていますが、他にも「ので」など、理由を示していることが分かる訳であれば問題ありません。

4. このthatは関係代名詞で、その先行詞はthe corridorsです。関係詞節は "that connect the buildings" で、「建物どうしをつなぐ（回廊）」とthe corridorsを修飾しています。

6. このwithは付帯状況を表すwithで、with + 目的語 + その状態を表す形容詞または形容詞句、という形で使います。 "Don't speak with your mouth full." （口の中に食べ物をいっぱいにしたまましゃべるな）、などがその使用例です。ここでは、with + 目的語 (gaps) + 形容詞句 (between them)で、「床板どうしの間に隙間を空けて」という意味になります。betweenは普通の「～の間に」という意味ですが、between them (themは the floorboards を指しています)で形容詞句を成しています。

10. このin front ofはご理解の通り「～の前に」という普通の意味です。訳は「本殿前に」となっていますが、「本殿の前に」と訳してももちろん間違いではありません。

11. ご理解の通りです。ごく普通の受動態(be動詞 + 過去分詞)の否定文です。ここでは the floorboards ... are not fixed で「床板は固定されていない」という意味になります。

12. このsoは等位接続詞と取るのが妥当だと思います。soの前の節とsoの後の節が、原因と結果の関係になっている場合に使われる用法です。ここでは「床板が固定されていない【ので】床板がいかだのように浮く」という話のつながりをsoで表しています。soの直後のtheyはthe floorboardsを指します。float upという決まった句動詞はないようですが、floatだけで「浮く」という意味になります。upは、ここでは上方向への動きを表す副詞として使われています。