抵抗とインダクタのインピーダンスはそれぞれ ZR=R,ZL=jωL であり、直列なので合成インピーダンスは Z=R+jωL となります。
合成インピーダンスの絶対値は ∣Z∣=R2+(ωL)2 で問題ありません。
たしかにインピーダンス Z1,Z2 の位相が 2π と異なるときは、それらを直列でつないだときの合成インピーダンスの絶対値は Z12+Z22 とは異なります。実部と虚部とでわけて計算しなければなりません。
しかし、単にRL直列回路であれば、インダクタの位相は 2π なので、このように計算しても問題ありません。
RLC直列回路の合成インピーダンスは R2+(ωL−ωC1)2 となりますね。
補足
つまり、最初から絶対値を求めるのではなく、合成インピーダンスを考えて、そこから絶対値を求めればよいということです。
これができるのが複素表示をするメリットでもありますね。