単振動の運動方程式はなぜマイナスが付くのですか？

運動方程式 $ma=-Kx$ と $F=kx$ は $x$ の意味が違います。

運動方程式の $x$ は自然長の時の物体の位置を $0$ として変位を表しますが、フックの法則は伸び、縮みの大きさなので符号がありません。

運動方程式がマイナスが付く理由は、座標系を伸びたと側の $x$ を正とするからです。

伸びたとき $x$ は正だがマイナス方向にばねによる力がかかり、縮んだ時は $x$ がマイナスで正方向に力がかかるのでマイナスがついています。