国語(漢字)についての質問です。

損なうと害うについてです。この2つの送り仮名が違う理由が気になり、色々と調べた結果、半分分かり、半分分かりません。政府の方針(なんとか答申見たいなものがありますよね？)では「語幹に続く活用語尾の部分を送り仮名として使う」となっています。これは理解できました。そこねるとそこなうの2つの読み方があり、その結果、「損なう(損ねる)」となるのですね。しかし、これに従うと「害う」ではなく、同様に「害なう」と思います。つまり、「害う」となっている言うことは「害」はそこねるとは読まないと言うことですよね。なぜ同じ意味の漢字なのに、損ではそこねるとそこなうの2つの読みで、害ではそこなうの1つだけの読みなのですか？

分かる方が居らっしゃれば、解答宜しく願います。