なぜ昔（弥生時代など）は村のことをひらがなでむらと書くのですか？

「群」をむらと読みます。

様々なものに、字体の変化が見受けられるので、その内の一つかも知れません。

ちなみに、ひらがな自体は、ご存知かと思いますが、漢字より後に生まれています。